ในกรณีที่มีการร้องเรียนกล่าวหาผู้ใต้บังคับบัญชาว่ากระทําผิดวินัย ผู้บังคับบัญชาซึ่งมีอํานาจสั่งบรรจุตามมาตรา ๕๗ จะต้องดําเนินการพิจารณาเบื้องต้นหรือสืบสวนว่ากรณีมีมูลที่ควรกล่าวหาว่ากระทําผิดวินัยหรือไม่ โดยสํานักงาน ก.พ. ได้วางแนวทางในการดําเนินการดังกล่าวไว้ ตามหนังสือสํานักงาน ก.พ. ที่ นร ๑๐๑๑ /ว ๑๙ ลงวันที่ ๑๔ กรกฎาคม ๒๕๔๗ โดยสรุปสาระสําคัญ ดังนี้

1. กรณีการร้องเรียนกล่าวหาโดยบัตรสนเท่ห์ (หนังสือกล่าวหาที่ไม่ปรากฏชื่อผู้กล่าวหา หรือใช้นามแฝงอื่นใด) ให้รับพิจารณาเฉพาะเรื่องที่ปรากฏพยานหลักฐานเบื้องต้นหรือเรื่องที่มีการบ่งชี้ถึงพยานหลักฐานเพียงพอที่จะสืบสวนหรือสอบสวนต่อไปได้
2. กรณีที่มีการร้องเรียนกล่าวหาโดยปรากฏพยานหลักฐานในเบื้องต้นเพียงพอที่จะสามารถพิจารณาได้ว่ากรณีมีมูลที่ควรกล่าวหาหรือไม่ ก็ให้ดําเนินการพิจารณาในเบื้องต้นได้ (เพื่อสั่งการอย่างใดอย่างหนึ่งตามมาตรา 91) โดยไม่ต้องดําเนินการสืบสวน
3. กรณีที่การร้องเรียนกล่าวหาแต่พยานหลักฐานยังไม่เพียงพอที่จะพิจารณาได้ว่ากรณีมีมูลที่ควรกล่าวหาหรือไม่ ก็ให้รีบดําเนินการสืบสวนเพื่อรวบรวมพยานหลักฐานในเบื้องต้น ทั้งนี้ การดําเนินการให้ดําเนินการในทางลับ (ประกอบหนังสือสํานักเลขาธิการคณะรัฐมนตรี ที่ นร 0206/ว218 ลงวันที่ 25 ธันวาคม 2541)